Głównym problemem spalarni w ostatnich latach jest przede wszystkim ciągłe powstawanie nowych produktów. Chodzi o znane wszystkim PCV, które znajdziemy w oknach, rurach oraz w wielu budowlanych produktach, ale także specjalne włókna teflonowe również powszechnie stosowane chociażby w przemyśle odzieżowym. Ich głównym składnikiem jest niebezpieczny fluor oraz chlor, a wysegregowanie tych substancji jest niezwykle trudne.
Poza tym wspomniane wymogi i normy związane z emisją substancji wytwarzanych substancji podczas spalania prowadzi do wielu trudności przeprowadzania tego. Nie oznacza to jednak, że spalarnie współcześnie są spychane na drugi plan, wręcz przeciwnie, wiedza w tym zakresie oraz rozwój technologii pozwala na wprowadzanie innowacyjnych i zaawansowanych procesów i samych technologii w nowoczesnych spalarniach, które emitują tylko oczyszczone spaliny. Niestety takich spalarni jest jeszcze stosunkowo mało jednak już rozpoczęły się w Polsce budowy nowoczesnych spalarni, które mają rozpocząć swoją działalność w 2015 roku.